O Colégio de Pescadores de Macaé pauta-se por uma metodologia educacional centrada na atividade prática do aluno. A prática é compreendida, assim, como uma forma necessária para se desenvolver o conhecimento, a partir da qual deve se constituir a base teórica que a alicerça. Ou seja, a teoria de uma determinada atividade constitui-se pela necessidade apresentada no exercício prático dessa atividade: é a lógica do “aprender fazendo”.
Há o estímulo à elaboração de projetos de caráter interdisciplinar, os quais são desenvolvidos com a intenção de se aproximar áreas diferentes do conhecimento.
A montagem de uma maquete sobre a bacia hidrográfica de Macaé, por exemplo, pode contar com a participação de professores da área de geografia, para o desenvolvimento de estudos do solo e das formações rochosas da região, de biologia, para o estudo do ambiente local, de artes, para auxílio na modelagem da maquete e por aí vai.
Com isso, o conhecimento se constitui no próprio emaranhado de relações em que ele está envolvido e, além disso, permite ao aluno compreender a educação como exercício de seu trabalho, já que está abstraindo os saberes de forma investigativa, ao contrário do que as cartilhas geralmente fazem.
